5’GCGC un 5’CGCG pārkares galus saturošu DNS oligonukleotīdu elektroforētiskās īpašības un vizualizācija atomspēka mikroskopā

Abstract

Darbā tika apskatīta DNS ar 5’GCGC un 5’CGCG vienpavediena pārkares galu atkarīga migrācija poliakrilamīda gēla elektroforēzē un to saistīšanās efektivitātes noteikšana uz vizlas un grafēna virsmu ar atomspēku mikroskopu. Darbs pierādīja, ka pastāv oligonukleotīdu 5’GCGC un 5’CGCG vienpavediena pārkares galu un cilpu saturošo oligonukleotīdu atkarīga migrācijas anomālija. Oligonukleotīdu migrācija ir atkarīga no izmantotās temperatūras, gēla koncentrācijas un pievienotajiem joniem. Oligonukleotīdu saistīšanās efektivitāte ar vizlas virsmu ir atkarīga no: vienpavediena pārkares gala, cilpu saturošajiem oligonukleotīdiem un magnija jonu klātbūtnes. Atslēgas vārdi: DNS, elektroforēze, atomspēku mikroskops, pārkares gali

The work examines polyacrilamide gel electrophoretic mobility of DNA fragments with 5’GCGC and 5’CGCG single stranded overhang and their immobilization properties with atomic force microscopy on mica and graphene surfaces.Work proved DNA with 5’GCGC and 5’CGCG single stranded overhang and loop making nucleotides dependent electrophoretic migration anomaly. Oligonucleotides migration is dependent of temperature, concentration of gel and added ions. Oligonucleotides immobilization on surface is dependent of: single stranded termini, loop making nucleotides and magnesium ion presence. Key words: DNA, electrophoresis, atomic force microscopy, single stranded termini