JAUNIZDALĪTO CEDECEA DAVISAE INFICĒJOŠO BAKTERIOFĀGU IZOLĒŠANA UN RAKSTUROŠANA

Abstract

Darbā izolētas baktērijas no dažādu rožu dzimtas augļkopības kultūru augu lapām, kuras identificētas ar 16S rRNS gēna sekvenēšanas metodi. Izmantojot šīs baktērijas kā saimniekkultūras, tika izolēti 10 jauni dsDNS bakteriofāgi. Vēlāk ar Cedecea davisae baktēriju izolātu kā saimnieku no notekūdeņu paraugiem tika izolēti vēl 13 fāgi. Tālākai izpētei tika izvēlēts jaunizdalītais Cedecea fāgs Yanou. Fāgs Yanou ir Autographiviridae dzimtai, Teseptimavirus ģintij piederošs lītisks podovīruss ar 40865 bp garu genomu. Tas ir otrs līdz šim zināmais Cedecea ģints fāgs un pirmais raksturotais Cedecea lītiskais podovīruss. Bakteriofāga Yanou pilnais anotētais genoms deponēts GenBank brīvpieejas datubāzē ar nosaukumu “Cedecea phage Yanou” (piekļuves numurs: ON568193).

In this thesis, bacterial strains were isolated from leaves of different pomiculture Rosaceae plants and were identified using 16S rRNA gene sequencing. Using these bacteria as hosts ten new dsDNA phages were isolated. Later, thirteen additional phages were isolated from sewage samples using Cedecea davisae as the host. One of the phages was chosen for further characterization in greater detail ‒ Cedecea phage Yanou. Yanou belongs to the Autographiviridae familiy, Teseptimavirus genus, it is a virulent podovirus with 40865 bp long genome. To our knowledge, phage Yanou is the second known Cedecea phage and the first characterized Cedecea virulent podovirus. Complete annotated genome sequence of phage Yanou was deposited to GenBank open-access database under the title “Cedecea phage Yanou” (accession number: ON568193).