Astaino bakteriofāgu zināmās daudzveidības paplašināšana pa vienam fāgam reizē

Abstract

Bakteriofāgi (fāgi) jeb baktēriju vīrusi ir visizplatītākās un ģenētiski daudzveidīgākās bioloģiskās vienības uz Zemes. Lai gūtu labāku izpratni par fāgu fenomenu, mūsu interesēs ir ne tikai izolēt un sekvencēt pēc iespējas vairāk fāgu, bet arī izolēt fāgus no dažādām ekoloģiskajām nišām, īpašu uzmanību pievēršot mazāk izplatītiem bakteriālajiem saimniekiem. Šajā darbā es aprakstu, kā mūsu laboratorijā tiek mēģināts paplašināt zināmo fāgu daudzveidību, un parādu, ka, "novirzoties no iestaigātā ceļa", bieži izdodas izolēt jaunus bakteriofāgus, kas ļoti atšķiras no līdz šim aprakstītajiem. Atslēgas vārdi: virusoloģija, bakteriofāgi, bakteriofāgu daudzveidība, fāgu izolēšana un raksturošana, Caudoviricetes, dsDNS fāgi, pilna genoma sekvencēšana, genoma anotācija, salīdzinošā genomika, ar kukaiņiem saistīti bakteriofāgi

Bacteriophages (phages) - the viruses of bacteria, are the most abundant and genetically diverse biological entities on Earth. It is in our best interest, to gain a better understanding of the phage phenomenon, to isolate and sequence not only as many phages as possible but also to make sure to do so from a variety of ecological niches and with particular attention to less commonplace hosts. Here, I describe how the expansion of the known phage diversity is being approached in our lab and show that “straying off the beaten path” often results in the isolation of novel phages that are highly divergent from the other ones described so far. Keywords: virology, bacteriophages, bacteriophage diversity, isolation and characterization of phages, Caudoviricetes, dsDNA phages, WGS, genome annotation, comparative genomics, insect-associated phages