The long-term impact of Helicobacter pylori eradication therapy on the human gastrointestinal microbiome and extended-spectrum β-lactamase (ESBL) coding gene levels

Abstract

Starptautiskās vadlīnijas rekomendē “testē-un-ārstē” stratēģiju Helicobacter pylori infekcijas gadījumā, lai ierobežotu kuņģa vēža izplatību, tomēr terapijas iespējamā nelabvēlīgā ietekme uz kuņģa-zarnu trakta mikrobiomu (GIT-mcr) joprojām nav skaidra. Šajā pētījumā mēs demonstrējam Fēču Imūnķīmiskā Testa paraugu konteineru piemērotību paraugu ievākšanai GIT-mcr pētījumos. Tika atklāts, ka GIT-mcr taksonomiskais sastāvs ilgtermiņā saglabājas stabils pēc H.pylori eradikācijas terapijas. Lai gan tika identificētas atšķirības atsevišķās ģintīs ar zemu prevalenci, GIT-mcr kopējo taksonomisko struktūru vairāk ietekmē indivīdu raksturojošie parametri, nevis eradikācijas terapija. Lielākajai daļai ESBL kodējošo gēnu to līmenis saglabājas stabils, tomēr atsevišķiem gēniem pēc eradikācijas bija samazināta prevalence un vienlaikus tika novērota GIT-mcr rezistoma bagātināšanās. Atslēgvārdi: Helicobacter pylori, Fēču Imūnķīmiskais Tests, mikrobioms, ESBL

International guidelines suggest a “test-and-treat” strategy for Helicobacter pylori infection to reduce the incidence of gastric cancer, however, the potential adverse effects on the gastrointestinal microbiome (GIT-mcr) remain unclear. Here we demonstrate the suitability of the Faecal Immunochemical Test sample containers for sample collection in GIT-mcr studies. We further present that the taxonomic composition of GIT-mcr remains stable after H.pylori eradication during long-term observation. Although there were differences in some low-abundant genera, the overall taxonomic structure of GIT-mcr appears to be influenced more by subject-specific parameters than by the eradication therapy itself. The levels of most ESBL-encoding genes remained stable, however, some of these genes exhibited a decreased abundance post-eradication, complemented by diversification of the GIT-mcr resistome. Keywords: Helicobacter pylori, Faecal Immunochemical Test, microbiome, ESBL