Bakteriālu un virālu infekciju miRNS biomarķeru identifikācija bērniem ar drudzi, balstoties uz transkriptoma analīzi asinīs un urīnā

Abstract

Šobrīd klīniskajā praksē pietrūkst ātru, uzticamu un neivazīvu metožu bakteriālu un virālu infekciju atšķiršanai, kas negatīvi ietekmē ārstēšanas efektivitāti un palielina antibiotiku rezistences attīstības risku. mikroRNS biomarķieru urīnā izmantošana varētu kļūst par šīs problēmas atrisinājumu. Šī darba ietvaros tika veikta urīna mikroRNS un pilna asins transkriptoma sekvencēšanas datu analīze bērniem ar bakteriālām un virālām infekcijām ar mērķi noteikt šo infekciju izšķirošus mikroRNS biomarķieru kandidātus un sasaistīt diferenciāli ekspresētas urīna mikroRNS ar asinīs diferenciāli ekspresētiem transkriptiem. Izmantojot regresijas un salīdzinošās statistiskās analīzes, tika identificēti pieci mikroRNS biomarķieru kandidāti, un veikta to mRNS mērķu prognozēšanas analīze, lai noteiktu sakarības ar asinīs ekspresētiem transkriptiem.

There’s a lack of fast, reliable, and non-invasive methods of distinguishing between bacterial and viral infections in modern clinical practice, which negatively impacts effectiveness of treatment and increases the risk of antibiotic resistance development. Using miRNA biomarkers in urine may become the solution to listed problems. In this study the analysis of urine microRNA and blood full transcriptome sequencing data in children with bacterial and viral infections was conducted with the goal of determining miRNA biomarker candidates distinguishing between said infections and connecting differentially expressed urine microRNA with differentially expressed transcripts in blood. Using regression and comparative statistical analysis five microRNA biomarker candidates were prioritised and mRNA target prediction analysis of those was conducted to establish the connection to transcripts expressed in blood.