Pirmā tipa cukura diabēta pacientu zarnu mikrobioma raksturojums, izmantojot 16S rRNS marķiergēna un metagenoma analīzes

Abstract

Pēdējos gados tiek plaši pētīta zarnu mikrobioma loma pirmā tipa cukura diabēta attīstībā, taču joprojām ir daudz neskaidrību. Lai raksturotu pirmā tipa cukura diabēta pacientu zarnu mikrobiomu, tika analizēti 27 zarnu biopsiju 16S rRNS bibliotēku un 92 fēču metagenoma bibliotēku paraugi, iekļaujot veselu cilvēku kontroles grupu. Tika analizēta arī viena no slimības komplikācijām – diabētiskā nieru slimība. Mikrobioma vispārējā analīze norādīja, ka mikrobioma struktūra pētījuma grupās un apakšgrupās bija līdzīga, tomēr 16S rRNS bibliotēku paraugos atklājās būtiskas atšķirības starp T1D un veselu indivīdu paraugu alfa daudzveidību ģinšu līmenī. Veicot asociācijas analīzi, tika identificēti atsevišķi taksoni, kuri atainoja katru veselības stāvokli raksturojošo grupu, kā arī saistību ar zarnu mikrobiomu ietekmējošiem faktoriem.

In recent years, the role of the gut microbiome in the development of type 1 diabetes has been extensively studied, but there are still many uncertainties. To characterize the gut microbiome of patients with type 1 diabetes, 27 gut biopsy 16S rRNA library samples and 92 fecal metagenome library samples were analyzed, including a healthy control group. One of the complications of the disease - diabetic kidney disease - was also analyzed. Overall analysis of the microbiome indicated that the microbiome structure was similar in study groups and subgroups, however, 16S rRNA library samples revealed significant differences between T1D and healthy individual samples in the alpha diversity at the genera level. By conducting association analysis, individual taxa were identified that represented each group characterizing the health condition, as well as the association with factors affecting the gut microbiome.