Zivīm patogēno Aeromonas spp. inficējošu bakteriofāgu izolēšana un raksturošana
Zusammenfassung
Darba ietvaros iegūti 30 dažādi bakteriofāgu izolāti, kas spēj inficēt potenciāli astoņas atšķirīgas Aeromonas ģints sugas, kas identificētas ar 16S rRNS un GyrB gēnu sekvencēšanu. Iegūto fāgu pilna genoma sekvences ļauj noteikt, ka izolētie fāgi reprezentē Caudoviricetes klases sešas dzimtas. Šie fāgi potenciāli pieder septiņām zināmām un piecām vēl neklasificētām, jaunām ģintīm, kuru izveidošanu var piedāvāt uz darbā pētīto fāgu pamata. Plašāk darbā raksturoti fāgu izolāti un tiem ģints līmenī intergenomiski līdzīgākie fāgi no jau atzītām ģintīm Sharonstreetvirus, Cinquassovirus, Biquartavirus un Teseptimavirus. Analizēta to genomu uzbūve un īpašības, kā arī veikta pangenoma analīze. Izvēlētajiem reprezentatīvajiem fāgu izolātiem veikta saimniekspektra testēšana un lizēšanas efektivitātes noteikšana dažādos eksperimentālajos apstākļos. Within the scope of the study, 30 different bacteriophage isolates capable of infecting potentially eight distinct species of the Aeromonas genus, identified through 16S rRNA and GyrB gene sequencing, were obtained. The complete genome sequences of the obtained phages reveal that the isolated phages represent six families within the class Caudoviricetes. These phages potentially belong to seven known and five as yet unclassified novel genera creation of which can be proposed based on the isolated phages. The study further characterizes phage isolates and genomically similar phages at the genus level belonging to genera Sharonstreetvirus, Cinquassovirus, Biquartavirus, and Teseptimavirus. Analysis of their genome structure and properties, as well as pangenome analysis, was conducted. Selected representative phage isolates underwent host range testing and determination of lysis efficiency under various experimental conditions.